巫宝三，男，曾用名巫味苏，1905年7月生于江苏句容，1933年进入设在北平的社会调查所（经济所前身）工作。

1925年巫宝三入吴淞政治大学，1926年冬因学校停办，1927年入南京中央大学，1930年转学清华大学经济系，1932年入南开大学经济学院从事研究工作，1933年转入设在北平的社会调查所工作。1934年社会调查所并入中央研究院社会科学研究所，巫宝三历任该所助理研究员、副研究员、研究员，并兼任南京中央大学教授。1936年，巫宝三由中央研究院选派赴美国留学，并于1938年获哈佛大学硕士学位。1938—1939年巫宝三赴柏林大学进修。1947年，巫宝三受罗氏基金会资助赴美完成博士论文《中国资本形成的消费支出（1933）》，于1948年获哈佛大学博士学位。

1950年中央研究院改组为中国科学院，巫宝三任中国科学院社会科学研究所副所长。1953年任中国科学院社会科学研究所改名为中国科学院经济研究所，巫宝三任代所长。1954年狄超白任中国科学院经济研究所所长后，巫宝三任副所长。1957年，巫宝三受到错误批判，被撤销中国科学院经济研究所副所长职务。1977年中国科学院哲学社会科学部改名为中国社会科学院。1978—1982年巫宝三担任中国社会科学院经济研究所经济思想史研究室主任。自1979年起，巫宝三任中国社会科学院经济研究所顾问及学术委员会委员、《经济研究》编辑委员会委员及顾问、中国社会科学院研究生院教授及博士生导师、北京大学兼职教授、中国经济思想史学会名誉会长、外国经济学说史研究会顾问、中国民主促进会中央常委、中国人民政治协商会议全国委员会委员、北京市政协副主席等职务。

20世纪30、40年代，巫宝三从事于中国农村经济问题、经济学理论、中国国民收入估算方面的研究。巫宝三对农村经济问题的分析建立在充分的调查研究的基础上，其代表性著作如与张之毅合作出版《福建省食粮之运销》（1937年），以及《战时物价之变动及其对策》（1942年）等。巫宝三在经济学理论研究方面有深厚的造诣，且注重联系中国经济实际，如1941年发表的《农业与经济变动》一文曾获中央研究院杨铨纪念奖。20世纪30年代末40年代初，巫宝三着手中国国民收入的研究工作，并在1945年出版《国民所得概论》。1945年，由巫宝三、汪馥荪（敬虞）、章季闳（有义）、马黎元、南钟万、贝友林等人合作的《中国国民所得（一九三三年）》完成书稿，并在1947年出版。该书将估计材料、计算方法与估算结果全部发表，是20世纪40年代关于中国国民收入的代表性著作，产生了广泛的学术影响。20世纪50年代后，巫宝三主要致力于中国经济思想史的研究，发表了大量学术论文，也主编出版了《中国近代经济思想与经济政策资料选辑》（1959年）、《中国经济思想史资料选辑——先秦部分》（1985年）、《中国经济思想史资料选辑——两汉部分》（1988年）、《古代希腊、罗马经济思想资料选辑》（1990年）、《中国经济思想史资料选辑——明清部分》（1990年）、《中国经济思想史资料选辑——三国两晋南北朝隋唐部分》（1992）、《中国经济思想史资料选辑——宋金元部分》（1996年）、《欧洲中世纪经济思想资料选辑》（1998年）等。巫宝三提倡中西经济思想比较研究，通过比较研究论述中国经济思想的发展特点，其相关论著拓展了新时期中国经济思想史的研究视阈。巫宝三翻译的著作有George O'Brien的《农业经济学》（1934年）、Piero Sraffa的《用商品生产商品——经济理论批判绪论》（1963年），及与杜俊东合作翻译的F. R. Fairchild、E. S. Furniss、N. S. Buck编写的《经济学概论》（1937年）等。

1999年2月，巫宝三在北京去世，享年94岁。