承担该学科研究任务的是微观经济学研究室。

1986年经济所增设微观经济研究室，杜海燕任主任。1991年微观经济研究室更名为企业经济运行研究室。1994年企业经济运行研究室更名为微观经济学研究室，张荣刚任主任。历任室主任还有韩朝华、朱恒鹏。现任研究室主任为王震。

微观经济学研究室以微观经济理论为基础，在长期发展中逐渐形成了两个研究方向：一是企业理论和产业组织研究，包括公司治理、企业金融、企业发展战略与管理、产业组织、区域经济发展等。从八十年代以来，微观室几次在全国展开大规模的企业调查，获取并积累了上千家企业在体制变革、经营演变和经营绩效的数据，并在此基础上完成了一批有影响的研究成果。特别是在国有企业改革的研究方面，依托大规模企业调查数据，出现了一批有分量的研究成果和学术带头人。

另外，微观室还通过深入、细致的调查，完成了一批有较高学术价值的企业案例，这些案例对于研究八十年代以来企业改制、国有资产管理体制改革、企业集团的成长、中国经济体制的转型和经济发展都具有较高的参考价值，受到了海内外学术界的好评。

近年来，微观室在把握当前产业技术和产业组织发展前沿的基础上，在产业组织研究方面突出了“互联网+”对市场结构、企业治理与产业组织、就业模式的影响方面的研究。

微观室的第二个主要研究方向，是基于微观经济理论对包括就业、收入分配、社会保障、医疗卫生、养老服务等民生事业的公共政策研究，并逐渐形成了公共经济学学科的优势与特色：一是理论研究和现实研究紧密结合，突出前瞻性、全局性和创新性；二是多学科融合发展，以微观经济理论和公共经济学研究方法为基础，充分吸纳社会学、政治学、法学等相关学科的研究方法和最新研究成果，力图在学科融合中找到创新之路；三是以点带面，突出几个重点问题的研究，带动学科建设全面发展。近年来主要是社会保障和医疗卫生体制改革方面的研究，已成为国内一流的社会保障和医疗卫生体制改革研究阵地。

注重实证分析和现场调查是微观室的研究传统和特色。自成立以来，以微观室为主完成了多项全国性的企业和机构调查，形成了丰富的研究数据库。同时，微观室研究人员深入城市、农村、企业和居民家庭，进行个案访谈，积累了大量个案调查数据。